民人从内城退去后,八旗便在内城分布居所,清代统治者详尽地将八旗分布在内城之中。其中,内城之北为两黄旗,正黄旗在西,镶黄旗在东;内城之东为两白旗,正白旗在北,镶白旗在南;内城之西为两红旗,正红旗在北,镶红旗在南;内城之南为两蓝旗,正蓝旗在东,镶蓝旗在西。然后根据身份获得自己的房屋,如一品官,给房二十间。二品官,给房十五间。三品官,给房十二间,四品官,给房十间。五品官,给房七间。六、七品官,给房四间品官,给房三间。护军、领催、甲兵,给房二间”，等等。这种房屋的分配甚至具体到了八旗最小的建制——佐领。

朝廷各个衙门建在内城里的。内城的四面，除了南面有三个城门外，其他三面都是两个城门,合称为“九门”。这九门都是日常出入城所使用的,但是它们各自还都有独特的喻意或功能。其中北面靠西是德胜门,清代用兵,发兵的时候都喜欢刻意地走这个门,取“得胜”之意。北面靠东是安定门,与德胜门相对,清代用兵,收兵的时候都喜欢刻意走这个门,取“安定”之意。西面靠北的是西直门,今天的西直门有可怕的立交桥,而在清代,明清两代的帝王均取用京西玉泉山的水,这水就是每天从西直门运入宫廷的,所以它也被称为“水门”。与西直门相对的,东面靠北的是东直门,被称为“木门”,这是因为在清代南方物资多通过运河运到北京,通济渠的北端通州就在北京的东面,所以东直门就成了木材的集散地。再往南看,内城正西的门是阜成门,它在明正统年以前叫平则门,据说其门洞内刻有梅花一枚,“梅”通“煤”,是专运煤炭的门,与京西产煤吻合。与之相对,内城正东的门是朝阳门,它在明正统年以前叫齐化门,据说其门洞内刻有谷穗一束,是专运粮食的门,也与粮食多由运河运来吻合。至于南面,靠西的是宣武门,明正统年以前叫顺承门,民间称之为顺治门;靠东的是崇文门,明正统年以前叫文明门,清代民间称之为哈德门、海岱门。这两个门一东一西,一文一武,遥相呼应。而正南的大门,叫正阳门,明正统年前叫丽正门,清代人习惯称之为前门