在避暑山庄时,两位皇太后就已和恭亲王的弟弟秘密会晤了数星期,这时候双方拥有皇上印章的两位皇太后和在京城有权有势的恭亲王—则照着先前谈定的计划行动。恭亲王陪她们进京,随侍在侧。那天下午,肃顺仍在护送皇上灵柩途中,恭亲王召集群臣,宣读经两位皇太后盖印、以小皇帝名义发出的圣旨,指控肃顺等大臣叛国。不久,他又拿出另一道圣旨,下令逮捕他们治罪。当天晚上,恭亲王的弟弟率领一支满人卫队驰往肃顺扎营处,在帐中将其逮捕。其他顾命大臣在各自的北京住所被捕,恭亲王将圣旨公告于京城各处加诸八大臣的诸多罪名,主要围绕着那场丧权辱国的对外战争来铺陈,其中一条指控八大臣以卖国建议误导咸丰帝,导致清廷与英法兵戎相向。圣旨指责他们劫持巴夏礼等特使,因而失信于英法联军,招致额尔金挥兵入侵京城。除了要他们为洋人入侵一事负责,这道圣旨还指控他们违反皇上本身的意愿,阻止皇上回京。最后,慈禧太后个人指控他们假造那道指派他们为顾命大臣的遗诏。她宣称咸丰帝死前那一天,她直待在皇上床边,说他身子弱得无法开口讲话,更别口述遗诏要臣子写下。

洪仁玕将长江喻为长蛇,以湖北省会武昌附近为蛇头,上海附近为蛇尾,乃是自古即有的战略原则,曾国藩也服膺此原则。该原则不仅强调武昌与安庆居于上游的优势,而且强调应控制广大的内陆农业生产区,即在此前诸王朝眼中比海盗为患的沿海地区远更重要的地区。但这个古老原则未能说明十九世纪上海和其他沿海通商口岸前所未见的经济发展,也未能说明海上贸易在取得武器和补给物资上的新重要性。李秀成认识到如今在东部可赢得的财政和军事资源,远多于过去,因此,尽管洪仁玕力劝他再攻安徽,他仍坚守巩固富饶且人口稠密的华东诸省的计划,太平天国的整个战略重心随之移到东边。洪仁玕败战桐城回来之后,整个变了一个人。飘飘然的统兵作战滋味、桐城战败的经验、他的运动一直未得到有力的外
国支持,三者和合,促成他性格中较阴暗的一面显露于外。他的反清宣传,仇恨之意更浓,他与其他诸王更为不和。而他不在南京期间,权力结构—一如他所担心的已有了微妙但重大的调整。他回南京时,天王已下旨,群臣的奏折不再需要干王盖印才转呈天王,因此他不再是洪秀全与外面世界之间唯的斡旋者。天王的儿子洪天贵福这时已获擢升到仅次于其父亲之位,地位高于洪仁玕。洪仁玕仍是掌理对外关系的总理,仍主掌朝政(其他诸王前来他的王府议事,而非他去其
他诸王府议事),但他不再是太平天国指挥体系里公认的第二把交椅。这一贬职,再怎么微不足道,都令他耿耿于怀,而且忠王不甩他命令一事,尽管将在外君命有所不受,但仍意味着干王在整个指挥链里的地位已不再如过去那么明确。