曾国荃部苦撑到初夏,但来自北京的压力开始升级,清廷渐渐不耐于久围无成,要求拿下南京,不得再拖延。但曾国荃想独占收复南京的功劳,因此不接受调李鸿章淮军来南京助攻的建议。身为全军统帅,曾国藩既想取得胜利,又担心他弟弟一味顽拒援助,南京湘军会因补给短缺而瓦解,为此不知如何是好。他痛斥弟弟爱慕虚名,六月十九日写信给曾国荃说道“何必全克而后为美名哉?人又何必占天下之第一美名哉?”曾国藩比弟弟更了解北京宫廷政治,毕竟他弟弟未在朝廷待过,因此他最后还是邀李鸿章前来合力攻打南京—心知若不这么做,将招来他曾家把个人野心置于国家利益之上的指责。李鸿章体谅恩师的尴尬处境,很礼貌地找了个不便前来的借口,让曾家得以继续独力攻打南京,同时化解来自朝廷的批评。

但荒芜亦非全然是坏事。不管曾国藩是杏积极雯持焦土政策,他在大地的荒芜凋敝中,的确看到了对他平乱的助力,那是异时异地的其他人也会看到的助力。在一八六三年四月十四日的奏折中,他描述了皖南的破败。“黄茅白骨,或竞日不逢人,”他写道。而如此荒芜惨状,最令他忧心之处乃是粮食无着落的叛军可能试图脱身,往西南窜入江西。同时,他解释道,这种形势有许多可喜之处。叛军倚赖他们所在地区农民的支持和接纳来存活,而饥荒将引发冲突。人民将会离开太平天国控制区周边的区域,如烟一般消散,使他们失去支持者。农民如无种子,不得不弃田而去,使叛军无物可食。他写道:“贼行无民之境,犹鱼行无水之地,贼居不耕之乡,犹鸟居无木之山,实处必穷之道,岂有能久之理。”

同时,乡间的饥荒加剧。曾国藩已在皖南设了救济站,但在多山的皖南,情况还是恶化,悲惨程度远甚于他初掌控安庆之时。他在一八六三年六月八日的日记写道:“皖南到处食人。”轻描淡写的语调,说明这种不可思议之事已如何司空见惯。他在日记里数次提到食人之事,但这一次他之所以在日记里写下,主要不是因为吃人肉一事，因为那已不是第一次，而是因为人肉变得很贵:“人肉始卖三十文一斤,后增至一百二十文一斤。”自前一年以来价格涨了三倍,意味着就连这最难下咽的维生物资都愈来愈买不起。他写道,江苏境内,南京以东和以南也有食人之事,尽管人肉价格据说较便宜。戈登于征战时亲眼见到可怕的食人残迹,但觉得他在上海的同胞不可能领会此事真正的骇人之处。他在给母亲的家书中写道：“在书上读到人食人肉的事,不如亲眼看到被割了肉的尸体那么骇人。”
皖北一片荒芜。鲍超想找出一条贯穿该省的补给线,以供给南京对面长江北岸部队的粮秣,最后死了心。承平时期,平坦的安徽中部春天时是连绵不断的翠绿平原,新发的水稻在大太阳下闪闪发亮,映照在细细的灌溉沟渠上,煞是美丽。但鲍超报告道,一八六三年春他走过该地区,超过一百五十公里的路连一片禾叶都没见到。没有木头可用来升火煮饭,没有东西可让人活命。从江苏也传来类似的悲惨消息。战火使上海方圆一百五十公里的乡间几乎荒无人烟。野猪在人去屋空的村子里觅食,吃干掉的死尸。身为两江总督,这里属曾国藩的辖区。他在日记里郁郁写道:“乱世而当大任,岂非人生之至不幸哉!”