百官之所以绝对服从皇帝,即使不说是有条件的,但也决不是无目的的。君主专制本来与文官制度相辅相成,在这庞大的组织中,下层的官员把无数不能尽合事实的书面报告逐级递送到中枢,以其数量之多和情况之复杂而要期望中枢事事处置得宜,自然是不可能的。端坐在宝座上的皇帝,他的力量带有宗教色彩,其神秘之处,就在于可以使不合理的处置台理化。换言之,皇帝的处置纵然不能事事合理,但只要百官都能俯首虚心地接受,则不合理也就成为合理。正德皇帝不去培养这种神秘力量,反而偏要去表现自己的将才帅略,岂不是破坏了臣僚们对他绝对服从的大前提?

这种局面不打破,文官的双重性格发展得越来越明显,这也是精神与物质的分离。一方面,这些熟读经史的人以仁义道德相标榜,以发挥治国平天下的抱负为国家服务,以自我牺牲自许;一方面,体制上又存在那么多的罅隙,给这些人以那么强烈的引诱。阴与阳的距离越来越远,找出一个大家都同意的折衷办法也越来越困难。
以张居正的精明干练,他没有能解决这个问题。他的十年首辅生涯,仅仅刚把问题看清楚。他的一套改革办法使文官们感受到极大的压力而不能成功,而且招致了死后的被清算。申时行不得不把目标降低。他所说的“使不肖者犹知忌惮,而贤者有所依归”,就表现了他调和这阴阳两极的方针。他无意于鼓励不法,但也不能对操守过于认真。1587年京察之放宽尺度就是这种宗旨的具体说明。在他看来,嫂子已经掉进水里,决不能再像平常一样保持远距离的尊敬,而需要“援之以手”了。
就算是降低了标准,申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进,坚持“四书”中所教导的伦理观念,对1587年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成,所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员,而不惜重新撕破申时行所苦心补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。
所以,在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候,他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强追命令固然失败,申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间,存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度,互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微,把做官看作发财致富的机会;有的人家境丰饶,用不着靠做官的收入维持生活,自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”中的原则,有的人仅仅视为具文,拿来做职业上的口头禅,有些人却一丝不苟,身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间;也有些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。

一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符箓。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。

多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。

皇帝是一国之主，他应当尽心竭力以保持文官集团的平衡。做到这一点是很不容易的，除了公正和不辞劳瘁以外，还需要超出寻常的精明能干。针对文官的双重性格，需要给予物质上的报酬使他们乐于效劳，也要动员他们的精神力量，使他们根据伦理道德的观念尽忠国事。这两项目标的出发点已有分歧，而皇帝能用来达到目标的手段也极为有限，概言之，不出于人事的升降和礼仪的举行。