他的作品中再三地阐明这种道德上的责任。一个君子何以有志于做官海瑞的回答是无非出于侧隐和义愤。他看到别人的饥寒疾苦而引起同情,同时也看到别人被损害欺压而产生不平。在君子的精神世界里,出仕做官仅仅是取得了为国家尽忠、为百姓办事的机会。一个人如果出于牟利他可以选择别的职业,或为农或为工,或为商。如果为士做官则应当排除一切利己的动机。在这一点上，海瑞和创建本朝的洪武皇帝看法完全一致。

海瑞虽然被挽留供职,然而这些公开发表的文件却把他所能发挥的全部影响一扫而光。一位堂堂的台谏之臣被皇帝称为“迂戆”,只是由于圣度包容而未被去职,那他纵有真知卓有真知卓见,他说的话哪里还能算数?由失望而终于绝望,都御史海瑞提出了七次辞呈,但每次都为御批所请不准。这一使各方面感到为难的纠结最终在上天的安排下得到解脱。接近1587年年底亦即万历十五年丁亥的岁暮,海瑞的死讯传出,无疑使北京负责人事的官员大大地松了一口气。

币制的问题肇始于两百年前。开国之初，洪武皇帝下令发行的大明宝钞，既不能兑现，也不能用以交纳田赋。其发行的方式也不是通过商业机构，而是通过发放官俸、赏赐官军和赈济灾民等方式流通于社会。而且，最根本的问题是在这种通行票据发放的时候，政府并没有任何准备金。如果这种发行货币的办法能够成功，那确乎是重新分配财富的最简便的办法了。然而事实上其中的奥妙在一开始就被识破，虽然政府严令禁止以金银物货交易，违者治以重罪，民间却置若罔闻。宝钞在最初就没有能按照面额使用，数十年后即等于废纸。

造成这种财政经济上凝固化的主要原因，是为了维持文官制度的统一和协调。各个地方官既已根据洪武皇帝所制定的原则，以农村的简朴为行政的着眼点，那么少数文官想要刺激较为活跃的经济部门，例如商业，或者是想改革供应制度以总收专发，保持收入和支出的合理弹性，则势必在整个文官集团中另起炉灶，培养一批技术人员。其甄别、训练、管理、考核、升调也都要和一般行政人员不同。这样，势必演变而为两套不同的法令和两个不同的组织。而在事实上，文官集团只能有一种传统的性格，而由于这个集团是本朝实际上的统治者，它就必然会以自己的性格作为标榜，而责成全社会向它看齐。俭朴本来是一种美德，然而在这种条件下提倡俭朴，充其量也不外是一种手段，意在使行政问题简化，以适应政府本身的低能。

洪武皇帝所推行的农村政策及一整套的措施，对本朝今后的历史，影响至为深远。其最显著的后果是，在全国的广大农村中遏止了法制的成长发育，而以抽象的道德取代了法律。上自官僚下至村民，其判断是非的标准是“善”和“恶”，而不是“合法”或“非法”。

海瑞充分重视法律的作用并且执法不阿，但是作为一个在圣经贤传培养下成长的文官，他又始终重视伦理道德的指导作用。他在著作中表示，人类的日常行为乃至一举一动都可以根据直觉归纳于善、恶两个道德范畴之内。他说，他充当地方的行政官而兼司法官，所有诉讼十之六七，其是非可以立即判定。只有少数的案件是非尚有待斟酌，这斟酌的标准是：
凡讼之可疑者，与其屈兄，宁屈其弟；与其屈叔伯，宁屈其侄。与其屈贫民，宁屈富民；与其屈愚直，宁屈刁顽。事在争产业，与其屈小民，宁屈乡宦，以救弊也。事在争言貌，与其屈乡宦，宁屈小民，以存体也。
用这样的精神来执行法律，确实与“四书”的训示相符合。可是他出任文官并在公庭判案，上距“四书”的写作已经两千年，距本朝的开国也已近两百年。与海瑞同时的人所不能看清楚的是，这一段有关司法的建议恰恰暴露了我们这个帝国在制度上长期存在的困难：以熟读诗书的文人治理农民，他们不可能改进这个司法制度，更谈不上保障人权。法律的解释和执行离不开传统的伦理，组织上也没有对付复杂的因素和多元关系的能力。