对于伊斯兰教,乾隆采取了完全不同的做法。他深知这一宗教的进取性,因此在回教地区大力推行政教分离,不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道,伊斯兰教一旦实现政教合一,必然爆发强大的扩张力量,给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后,他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量,禁止阿訇干涉政治,高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆,利用他们对抗突厥语族的穆斯林,从而实现以回制回,成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量,乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。