在通商制度上,由于列国在中国的通商口岸交易,就注定了在主客观条件上沿用清朝固有制度的命运,中英南京条约前后的清朝通商制度,在本质上几乎没有重大改变,如在开港地才能通商、透过行商买卖货物或报关等。因此在通商制度上,清朝并未如同朝贡体系论所说的,因中英南京条约的签订而划分成旧的朝贡贸易体系和新的条约体系。清朝的通商制度,不是朝贡体系,也不是条约体系,而应该是清朝自己说的互市制度。

若从近代西方民族国家的主权概念,来看清朝与外国所签订的领事裁判权,会认为此举是斫丧国家主权,但如果从当时的历史情境来看,则或许不能对清朝多所苛求。因为以清朝固有的法律精神来说,对于涉外官司的审理,一直以来都是属人主义式的,例如清朝从尼布楚条约以来,在与俄国所签订的对等条约中,都是彼此承认由各该管官员审理本国犯人,对于涉及两国人民的重大案件,也经常采取会审方式,在边境审判;甚至1871年的中日修好条规,条规内容几乎全由清朝主导拟定,可以说充分显示清朝意志的理想条约观及对外观念之体现,在这样的条约中,清朝仍然放进了双方适用领事裁判权的规定,可见即使到了1870年代,只要可以跟对方政府达成协议,清朝理想的涉外官司处理还是属人主义式的。除非找不到管辖涉案外国人的官厅或官员,像中英在南京条约之前没有正式的国交关系,那么英国人在广东犯案,则适用于大清法律。

鸦片战争后,中英双方缔结南京条约及五口通商章程,建立了国交关系,自然必须规定彼此官方文书往来的机制,南京条约第二条与十一条规定中国承认英国驻扎五口通商口岸的领事、管事官的官方身份,英国领事管事官得与中国地方官公文往来,并规定各层级官员之间公文往来的机制同属双方大员者彼此使用“照会”( communication);英国下级官员使用上行的“申陈”( statement)公文致书中国大臣;中国大臣使用下行的“札行”( declaration)公文回复英国下级官员;同属较下层级的双方官员,互相之间亦使用平行照会;而商贾阶级不属于官厅之间公文格式的讨论范围,有事上呈官厅仍然使用“察明”( representation)字样。

先前中俄中央之间由萨那特衙门与理藩院彼此行文的模式,并非不对等,但在俄国设立了近代西洋式的外交部门后,自然希望由专管外交的部门直接与清朝文书往来,加上俄国系与美、英、法三国共同行动,争取共同利益四国之间提出相同要求亦属自然,故俄国也提出更改中俄之间固有的中央层级文书往来方式。不过,比起美、英、法三国,与清朝具有悠久往来历史的俄国,果然比较明白清朝的政治体制,北京条约中,俄国要求由俄国外交部门与清朝的军机大臣(而非大学士)进行中央层级的文书往来,美、英、法三国却欲以大学士作为清朝中央交涉的窗口,说明他们并不理解清朝。众所周知,在清朝中叶以后,军机大臣都是参与军国内外大事的枢臣是最贴近权力中心的中央大臣;而大学土虽在中央,但是除非在行政部门任职,并无实权。另外,由于中俄在边务等外政上的往来,仍然必须与理藩院打交道,于是北京条约第13条中,还是规定了俄国的东西伯利亚总督得与中国军机处及理藩院行文往来。

因此朝贡体系论认为清朝将中国的海路对外贸易限制于广州一港,并且对外贸易,利用公行管理、控制外国商人的说法也不能成立。

清朝没有透过行商或所谓的“公行”垄断对外贸易的想法,基本上清朝不直接参与商业,只要能课征该有的税收、交易过程又能依规定进行的话,将商业事务委托商人进行,而官方只监督商业秩序即可。公行只是清朝为了确保税收而要求行商中的富商成立的组织,在税收不足或需要赔偿的时候,公行必须负起责任。公行主要存在于乾隆到南京条约成立期间不是一直存在的机构,也不是所有的行商都属于公行,因此不能把公行当作行商的代名词。南京条约中要求的是废除公行,不是行商。行商是一般商人,且是中外贸易不可缺少的存在,自然是不能废除的。

虽然已有许多学者认为朝贡体系论存在许多缺失,其铺陈的概念、构造之有效性也令人质疑,早已难以作为概括明清中国传统世界观的学说但或许由于一直没有出现能够系统性地全面取代朝贡体系的新学说,迄今为止史学界的某些通史书籍和教科书,仍然把中国传统的对外关系归纳为朝贡制度或是朝贡体系,也依然以鸦片战争和中英南京条约作为前近代和近代的分水岭,认为在此之前的中国外政是“朝贡体系”,此后则进入“条约体系”;在此之前的中国固有通商制度是“朝贡贸易”,此后则是被列强的“不平等条约”所约制的“开港场贸易”(指在开放对外通商的港口上所进行的中外贸易)。