巨细胞病毒及弓形体感染引起的视网膜炎性失明;可因五六种原因引起的严重腹泻;本球菌引起的脑膜炎或偶发性肺炎;念珠菌造成的鹅口疮及吞咽困难,以及外表黏糊渗液的伤口;肛门周围的疱疹;霉菌肺炎或是组织胞浆症在血液中的传播;典型或非典型的细菌;还有近20种潜伏钻营的病原如曲霉菌、圆线虫、双孢子球虫、诺卡氏菌等。
心脏、肾脏、肝脏、胰腺,以及胃肠道,都会受到艾滋病种各样的影响,其他较少见的还有皮肤、血液,甚至是骨骼。另外还有:发疹、窦炎、血液凝结异常、胰腺炎、呕吐、恶心、化脓的疮及有毒的渗出液、视觉障碍、疼痛、胃肠溃疡、出血、关节炎、喉咙痛、骨髓炎、心脏肌肉及瓣膜的感染,以及肾脏及肝脏的脓肿等。然而,这种疾病不只是使人因虚耗而失去精神,更会使许多病人感到毫无尊严。

HⅣ病毒是极脆弱的种病毒,感染力并不强,只要用家庭用的漂白水稀释10倍,就可以有效地杀死HIV病毒,其他如酒精、双氧水或是莱沙尔消毒液都有效。若是我们滴一滴充满病毒的液体在桌上,放置20分钟任它干掉的话,它就不再具有传染力了。因此,人们过度恐惧的经由昆虫咬伤、卫浴设备、餐具及接吻而感染,实在是庸人自扰,大可不必。

淋巴细胞被HⅠV病毒感染之后,大概就会发生以下的一连串事件:首先,病毒与细胞膜上叫作CD4的受体相结合;在结合处,病毒脱去它们的外膜进入细胞之中,然后在细胞内将RNA反转录成DNA,而DNA则接着迁入淋巴细胞的细胞核中,并植入细胞本身的DNA之中。于是,该淋巴细胞终其余生,甚至是它们后裔的生生世世,都持续地被病毒感染着。
从此,每当受感染的细胞进行细胞分裂时,病毒的DNA就随着寄生细胞的DNA基因一同复制,保持着潜伏式的感染。到了某个时刻,病毒DNA就会形成新的病毒RNA,不同的蛋白质产物因而生成。借此方式,新型的病毒就被制造出来了,然后它们自淋巴细胞膜穿出而自由活动,于是就有更多的细胞被感染。如果这整个过程够快的话,当新病毒穿出时,将会使其寄生细胞死亡。而另外一种造成细胞解体的方式就是新突出膜外的病毒可以结合那些尚未感染的T细胞,造成许多细胞互相融合成丛,称为“融合体”。由于融合体已不具免疫力,这种成丛的联结方式可在短时间内有效地破坏许多淋巴细胞。
HIV病毒攻击T细胞,特别是T细胞族群中的CD4,或是称作T4淋巴细胞,是主要的牺牲者。由于其在整体免疫功能中的重要性,CD4细胞一直被称作免疫系统的“四分卫”
HIV病毒感染CD4细胞的方式有很多种。它可以在CD4细胞中复制,或是在其内不动声色地寄住好一段时间,当然也可以杀死宿主,或让它们失去活动能力。长时间下来,CD4淋巴细胞将大量减少,从而使病人的免疫系统无法发挥有效的防卫作用,而遭到来自细菌、酵母菌、霉菌及其他微生物的感染。HIV病毒也会攻击另一类型的白细胞,即单核细胞。另有一种称为巨噬细胞的细胞,功能为消化并解决感染细胞的碎屑;这种细胞也常沦为受害者。巨噬细胞及单核细胞不会被HIV病毒解体,而是被作为储存库般的居所,让微生物病原长期而安全地在该处蛰伏。

细胞的基因物质是名叫DNA的索状分子,也就是基因讯息的储存库。在一般情况下的复制造过程中,DNA被拷贝,或说“转录”至另一股称为RNA的分子索,其功能就好比是模板去指挥新细胞蛋白质的制造。然而,在逆转录病毒中,基因物质却是RNA。逆转录病毒具有一种“逆转录”酵素,一且病毒进入寄生细胞后这种酵素便可将RNA转录为DNA,然后再依适当的程序转译成蛋白质。