现在我们已经清醒地意识到,基因在性别认定与性别从同的影响力要超越任何其他因素,仅有某些性别特征可以在限定情况下通过改变文化与社会背景或激素水平来获得。
对于遗传-发育级联来说,跨性别身份的存在为它提供了强有力的证据。从遗传与生理的角度来看,性身份具有二元性的特点:也就是说只需要一个基因就可以决定人类的性身份,并且会使男女之间在解剖与生理上出现非常明显的二态性。然而社会性别与性别认同的形成十分复杂。让我们假设人体内存在某个叫作TGY的基因,它能够决定大脑对于SRY基因做出何种应答(或者其他雄性激素与信号)。如果某位儿童遗传了TGY基因变异体,那么它可以对SRY基因对大脑的作用产生高度抵抗,虽然我们得到了一位解剖学意义上的男性,但是大脑并不能阅读或翻译雄性信号。对于这种个体来说,大脑可能会从心理上把自己当成女性,也可能认为自己既不是男性也不是女性,或者完全把自己归属为第三种性别。
这些男性(或女性)与斯威尔综合征患者的身份有类似之处:他们的染色体与解剖性别是男性(或女性),但是其染色体或解剖状态并不能产生同义信号。
事实上医学界已经对此达成共识,除了某些极其罕见的病例以外,判断儿童性别应该以其染色体(遗传学检测)为准,而与解剖变异和外在差异无关。如果他们在日后迫切希望改变性别,那么我们理应尊重个人选择的权利。

如果Y染色体携带有决定雄性性状的所有信息,那么它必定携带能够制造雄性胚胎的基因。起初,遗传学家希望能够在Y染色体上找到多个雄性决定基因:毕竟性别与多种解剖、生理与心理特征形影不离,因此很难想象单独某个基因能够实现上述全部功能。但是对于那些细心的遗传专业学生来说,他们都清楚Y染色体并非基因停留的理想场所。Y染色体与其他染色体不同,它没有姐妹染色体与副本拷贝，而这种“未配对”状态使得染色体上的每个基因都需要进行自我保护如果其他染色体出现任何突变,那么它们可以通过复制配对染色体的完整基因得到修复。但是由于Y染色体基因缺少相应的备份或岩惠(实际上,Y染色体具有某种独特的基因修复系统),因此无法对它们进行修理、修复或复制。当Y染色体遭遇突变攻击时,它根本不具备恢复遗传信息的机制,于是在漫长的历史演化中留下累累伤痕,并且成为人类基因组中最为脆弱的地方。
在接二连三的遗传突变轰炸下,人类Y染色体从几百万年前就开始出现信息流失。对于具有生存价值的基因来说,它们可能会被转移到基因组的其他部位并且被安全地储存起来,而那些价值有限的基因将被废弃、停用或替代,也就是说只有最重要的基因才会保留下来。随着遗传信息不断流失,Y染色体自身在循环往复的突变与基因丢失的作用下开始萎缩。因此,Y染色体作为全部染色体中最小的一条绝非偶然:它很大程度上是计划报废(2014年,科学家发现某些极其重要的基因就位于Y染色体)的受害者。
按照遗传学的逻辑,上述现象反映出某种奇特的悖论。作为人类最复杂的性状之一，性别不大可能由多个基因编码。然而对于某个隐藏在Y染色体上的单个基因来说,它却有可能成为决定雄性的主控因子！