永乐皇帝放弃了他父亲的计划。他将主要都城迁到北方，很快放弃了洪武将南京建设成区域性经济中心的宏伟规划。虽然大运河同时将苏州、南京两座城市与北京连接起来，但连接南京和大运河的仅仅是一条次要的河道。运河的主干道经过苏州。大运河的重修，有效地将南京置于二流位置，确保了苏州发展成为跨区域经济联合的纽带。到十五世纪中叶，苏州完全恢复了王朝建立伊始它被剥夺了的繁荣。南京慢条斯理地成为一个政治和文化中心，但缺乏苏州那样的与剩余产品生产区的经济联系，仅在个别商品范围内可以与苏州相抗衡，最明显的就是奢侈品，这我们在后面还要提到。

像南京那样的少数几个大城市有多个全天开放的市场，每个市场都有不同的分工。1395年的南京地方志列出了十三个市场。市中心的大市场是经营各类商品的总市场，那些分布在城门外的市场则各有分工。买当季的水果，要到三山街市；买鱼和菜蔬，到洪武门的新桥市或北门桥市；买衣料、茶、盐、纸张，到清凉门外的市场；买竹子，到聚宝门（卢立的砖就嵌在这里）外的来宾街市；买木炭，到金川门外的龙江市；买粮食，到西南郊的江东市；买盖房子用的木料，到西北角仪凤门外的河边市场。
市场网络将各种资源集中到像南京那样的主要区域性城市中，这种能力以明朝政府意想不到的方式塑造着明朝前期的社会。苏州就是一个典型的例子。该城市曾经是洪武的主要对手张士诚的基地，也是蒙古统治下士族地主势力的主要聚集中心。在他统治之初，洪武皇帝加派几乎难以承受的赋税，同时实施强制性的移民，试图使苏州屈服，并企图通过大量投资建设南京、赋予它国都的殊荣这些办法来压倒苏州。但他的计划最终流产了。由于商业化经济的强大力量，苏州最终还是坚强地承担起了这位皇帝加在它身上的赋税负担。事实上，这个赋税负担迫使人们不得不寻找新的赚钱方法，或许还进一步刺激了苏州的商业化。

与传统的看法相反，洪武政府其实并非有意压制商业。这位皇帝确实希望，通过限制商人在公共场所显示财富，商人的社会力量可以有所抑制，他在1381年下令禁止商人穿用丝绸就出于这种初衷。但除此之外，他并未对货物的商业流通给予多少关注。
生活在商业化环境下的人多持此种态度。尽管按照儒家的传统说法，地方社会中商人的存在是社会病态的象征，但明朝前期那些居住在市场经济发达地区的作者，大多都轻松自在地面对商人的存在，并未表现出任何忧虑。十四世纪晚期，在长江以北大运河上的扬州，其地方志编纂者这样写道：“江都（即扬州）当江淮之冲要，俗喜商贾，不事农业，四方客旅杂寓其间，人物富庶，为诸邑最。”
如果这位皇帝觉得有必要人为地限制、阻挠的话，那恰恰说明人们只要有机会便巴不得弃农从商。士绅强加给商人的污蔑或者微不足道，或者根本就不存在，至少在讲求实际的穷人那里是这样。

尽管这些法律千方百计地保护纸币，但人们还是宁愿使用贵金属而不是“宝钞”。对白银的需求没有减弱，走私白银的诱惑也没有从这块土地上减退。急于增加国库收入的永乐皇帝一反他父亲的白银政策，授权在整个中国南部和中属越南、缅甸地区重开银矿，提高白银开采限额。白银生产盛极一时，至十五世纪二十年代，白银的年产量达到了一万公斤，并继续保持强劲势头直到四十年代（这些数字仅仅反映合法银冶中的国家白银收入，不包括遍布华南山区的小银坑中私人开采的少量的白银）。由于国家机器对贵金属的庞大需求量，永乐提高了白银的生产额。永乐比他的父亲更好大喜功，不仅发动多次大规模的军事行动，而且还派遣以太监首领郑和（1371—1433）为首的船队六下印度洋，进行大规模的海上探险。在郑和所到的东南亚和印度洋地区，这些海上冒险刺激了当地的生产和贸易活动，他们带回了各种各样的既有利可图又让人惊奇不已的物品；但是船队并不能保证自负盈亏，还得由国家支付所需费用。对白银的需求和相对开放的海洋边境使外国白银开始渗入中国经济中，这反过来又在一定程度上刺激了十五世纪的商业繁荣。