朝廷和地方官员都曾禁书，但仅是偶然为之，并未形成制度。最有名的一次，是对李贽（1527—1602）著作的查禁。李贽强烈抨击儒家思想，他享有较高的知名度，部分是由于他具备一定的能力，使自己的著作被广泛传阅。就连他与知名论敌间的往来信件，一旦攒够了一定数量可以出版，他都拿去刻印。张问达，那个对李贽提出弹劾并最终使他在北京的牢房里自杀的给事中，他在关注李贽的思想本身的同时，也对李贽的思想何以那么轻而易举地在年青一代的地方精英人物中流传忧心忡忡。在他看来，一个人怎么想理应是他自己的事情；但一旦这种思想传播并影响其他人的时候，它们就有了政治意义，政府就得加以干涉了。李贽为自己的著作所起的书名，像《焚书》、《藏书》，说明他已预见到了自己著作的未来命运。但明朝政府发现，要查禁李贽的书着实不易。正如一位四川省的御史在1625年向皇帝奏报的那样：尽管多年前那里的地方官就收到了朝廷宣布李贽的著作为异端的通缉令，烧毁了搜剿到手的所有的李贽的著作，并禁止书肆出售；但“通行禁止，而士大夫多善其书，往往收藏，至今未灭”。商业性刻印书籍使禁书成为不可能，读者是很难被说服不读这些书的。

新的出版物中，不仅仅包括追求感官享受的那一类。在《天工开物》（本书采用了它的许多图片）的序言中，宋应星很担心别人会指控他背离正道，他非常谦逊地声称书中关于技术应用的知识仅是雕虫小技而已。他坚持说，只是由于他的朋友涂绍奎（1582？—1645）再三督促，他才将这部书稿付梓。他引用涂绍奎的话说：在涂氏看来，“凡古今一言之嘉，寸长可取，必勤勤恳恳而契合焉”。宋应星为自己辩护，说他并不是在写“于功名进取毫不相关”的东西，但他却也喊出了那个时代人们对于文化的新态度：在什么可以撰写成文和哪些应付印刷出版之间不应有人为的障碍。宋应星补充道，对像他这样既没钱购置稀有版本、也没有路径进入可以获得这些知识的文人圈的人来说，书籍很重要。（宋应星怀疑自己著作并不具有吸引力，事实证明他的怀疑是对的。后来这部著作没再刊印，几乎散佚不见，仅在日本有刻本存世。）