人类化石记录表明，在过去的15000年里，人类大脑尺寸陡降，部分程度上反映了人类身体的尺寸也在逐渐缩小，与之相伴随的是人类密集化和文明化的到来。此前的几百万年里，人类大脑尺寸一直维持着多多少少的增长趋势。在中石器时代（大约5万年以前），女性大脑容量约为1468立方厘米，男性大脑容量约为1567立方厘米。如今，数字已分别降至1210立方厘米和1248立方厘米。尽管考虑到人类体重的减轻，这个下降也颇为惊人。也许人类这个物种也在那些年间遭受了驯化。如果这是真的，那是以怎样的方式呢？理查德·兰厄姆认为，人类一旦稳定之后，生活在永久的居住地，就不会再忍受任何反社会的行为，他们会驱逐、囚禁甚至处死其他难以应付的人。在过去的新几内亚岛，超过1/10的男性死亡都是由于巫师的处死令。（这些巫师大多是男性）这意味着，处死的那些人更具攻击性和更易冲动，换言之也就是脑部发育更成熟以及脑容量更大的人。

年幼的动物未显示出害怕或攻击的性格，这些特性主要在大脑底部的边缘系统中发育得最晚。因此，若想让动物进化为一个友好或温顺的品种，最有可能的方式就是提早停止其大脑发育。因此，它们有着更小的头脑，以及较小的13区，这是边缘系统中更晚发育的部分，它的功能是促进产生成年动物的一些情感反应，诸如恐惧、攻击性等。

就像同源基因表现出的那样，DNA的启动子在第四维度表达自己：时间即是一切。黑猩猩的脑袋和人的不同，并不是因为构建二者的蓝图不同，而是因为黑猩猩长下颌的时间比人长，长头盖骨的时间比人短。差异完全在于时间的长短。
将狼驯化成狗的过程也体现了启动子的作用。20世纪60年代，遗传学家德米特里·别里亚耶夫（Dmitri Belyaev）在西伯利亚地区的新西伯利亚市附近经营一个很大的毛皮动物农场。他决定培育较为温顺的狐狸品种，因为无论农场里的这些狐狸被照料得多好，也无论它们已被圈养了多少代，它们都是胆小、害羞且神经质的动物。（想必这是有原因的）因此，别里亚耶夫开始挑选一些不排斥和人相对近距离接触的种狐。经过25代以后，他的确培育出了一些更为温顺的狐狸，它们愿意自发地接近他，而不是跑开。但这种狐狸不仅在行为上和狗相似，看起来也和狗差不多。它们的皮毛是杂色的，像柯利牧羊犬；尾巴在尾部上卷；雌性一年发情两次；耳朵松弛下垂；鼻部比野狐的稍短，头部也比野狐的稍小。令人惊奇的是，别里亚耶夫偶然间获得的温顺狐狸的特征，和最初的狼类驯化者所掌握的一样。

即使动物身体结构形成过程中想要出现重大转变，也根本不需要出现新的基因，就如同创作一本书无须发明新的字母一样。（除非你是乔伊斯）你只需以不同的模式开启或关闭已有的基因。我们忽然意识到，这样的机制可以将很小的基因差异发展为或大或小的演化改变。你仅仅需要调整启动子的序列，或增添一个启动子，就可以改变基因表达。而且如果这个基因控制一个转录因子的编码，那么该基因表达又会影响其他的基因表达。启动子中的一个微小变化会引起生物体的一连串差异。无须改变基因，这些变化也许就足以创造出一个全新的物种。

植物中的基因多于动物体内的基因。植物并不是通过黏附新的启动子来重新利用同一个基因，而是复制整个基因，并在复制版的基因中改变启动子。

同源基因用于形成“转录因子”蛋白，它们的功能就是“打开”其他基因。一个转录因子是这样运作的，它将自身结合在DNA的一个特定区域里，即启动子。在蝇类和人类这样的生物中（除了细菌这类），启动子区域包括5个分散的DNA片段，通常位于基因的上游，偶尔位于基因下游。每一组这样的基因序列都会吸附一个不同的转录因子，后者再来启动（或阻碍）该基因的转录。在转录因子结合如启动子区域后，大多数基因才能被激活。每一个转录因子都是基因组里其他位置的另一个基因的产物。许多基因的功能就在于帮助打开或闭合其他基因。而且，一个基因是否易于开启或闭合，取决于这个启动子的敏感度。如果该启动子已经转换或改变了序列，那转录因子就会更容易发现启动子，该基因就会更加活跃。或者，如果这种转换让启动子吸附了起阻碍作用的转录因子，而非促进转录的因子，这个基因就不会那么活跃。

唾液酸是细胞外部的一种糖，就像是细胞表层生长出的一种花儿。它是会引发感染的病原体，包括肉毒中毒、疟疾、流感和霍乱等病毒攻击的首批目标之一。一般来说，缺乏某种唾液酸，会让我们多多少少比猿类更容易受到病毒侵害。（细胞表层的糖是免疫系统的第一道防线）可有趣的是，Gc这种唾液酸几乎可发现于哺乳动物身体的各个部分，但除了大脑。瓦尔基所说的这种基因在哺乳动物大脑中处于闭合状态。哺乳动物的大脑若要正常运作，就得关闭这个基因，这一定有某些原因。瓦尔基像得到缪斯的启示一样，他灵感一现，推测也许200万年前，人类大脑加快扩容，有可能正是因为人类在进化中多走了一步，将体内的这个基因全部关闭。他承认这是一个疯狂的想法，因为对此他并无证据；他正在探索一片全新的疆土。

许多年前，圣地亚哥的医学教授阿吉特·瓦尔基（Ajit Varki）对一种人类特殊的过敏症颇为好奇和感兴趣。人类会对一种特殊的糖（即一种唾液酸）过敏，该糖会黏附动物血清蛋白。人体的这种免疫反应在一定程度上解释了，人们用马的血清制作蛇毒解毒剂，但常常会有一部分人对此严重过敏。我们人类不能忍受这种称为“Gc”的唾液酸，因为我们体内没有这种物质。瓦尔基和伊莱恩·马奇莫尔（Elaine Muchmore）很快发现了其中的原因，他们第一次注意到，和人类不同，黑猩猩和其他类人猿类体中含有Gc。人体内之所以没有产生Gc唾液酸，是因为体内缺乏一种将Ac转化为Gc的酶。没有这种酶，人类便无法给Ac唾液酸加入一个氧原子。人类缺乏这种酶，可所有的猿类都有。我要重申，这是人类和猿类第一个普遍意义上真正的生化差异。

目前科学家们承认，人类大约有3万个基因。这就是说，3万个不同的数字DNA分子片段散布在人类基因组里，它们被转化为蛋白质，以构成和维持我们的身体机能，每个基因都用于维持蛋白质分子的合成。黑猩猩也有着几乎同样数目的基因。3万的1.5%是450，由此可以得出，我们和黑猩猩有着450个不同的基因。这个数字并不大，如果通过计算，人体和黑猩猩体内的29550个基因都是相同的，事实上这完全不可能。更合理的解释是，人类体内的每一个基因和黑猩猩的都不同，但综合其底本来看，二者只有1.5%的差异。真相界于两种说法之间。在极其接近的物种之间，它们会有一些完全相同的基因，也会有一些有细微差异的基因，还有少数完全不同的基因。
最明显的差异是，所有猿类比人类多一对染色体。原因不难发现：在过去的某个时间点，两条中等大小的猿类染色体在人类祖先体内融为一体，形成了一条大的染色体，现称为2号染色体。这是一次不可思议的重组，让我们几乎可以确定，即使人类和黑猩猩的杂交后代可以存活，也不会有生育能力。因而，进化论者微妙地称之为，两个物种在过去的“生殖隔离”。

直到20世纪60年代，人们才重新发现，加利福尼亚人乔治·纳托尔（George Nuttall）在1901年做了一个非同寻常的实验。纳托尔注意到，两个物种越是相近，它们的血液在兔子体内产生的免疫反应就越相似。他将一只猴子的血液注入兔子体内，反复这样做了几星期，在最后一次注入的几天后，他从兔子的血液里提取了血清。猴子血液与这样的血清混合后，会产生免疫反应，变得黏稠。而将这种血清与其他动物的血液混合，产生的黏稠度大小就取决于该动物与猴子亲缘关系的远近；越是接近，黏稠度就越大。通过实验，纳托尔证明，人类更接近猿类，而不是猴子。从人类和猿类都没有尾巴以及其他特征来看，这是显而易见的，只是此观点在当时还是颇有争议。

1871年，达尔文列了一张人类独有特性的清单，这构成了人类与动物之间不可逾越的鸿沟。之后，他又逐一推翻了这些特性。尽管他相信只有人类才具有高度发展的道德观，但他专门用了一个章节来论证动物中也存在着原始形式的道德感。他的结论很直白：
人类和高级动物之间虽然在心智上差别很大，但这只是程度差别，而不是类型差别。我们已经看到，感觉和直觉，各类情感和官能——例如爱、记忆、注意力、好奇心、模仿、理性等——这些人类曾予以自夸的东西，也会以初级或发展完好的形式，存在于低等动物中。

圣奥古斯丁（Saint Augustine）说过，我们是唯一能够以性为乐，而不只是为了传宗接代的动物。（进化过的放荡者应该明白）可是黑猩猩的存在使以上说法不再准确，还有其南方的亲缘族倭黑猩猩更能将这个说法击得粉碎。倭黑猩猩会以性行为来庆祝美食，结束争斗或巩固友谊。他们的有些性行为还发生在同性之间，或是与年幼的猩猩，那么传宗接代这回事连个附带品都算不上。
然后我们又会说我们是唯一能够制造和使用工具的。但是珍妮·古道尔最初便发现黑猩猩会用草秆去吸食白蚁，或碾碎叶子的海绵组织以获取饮水。利基欣喜若狂地给古道尔发去电报：“现在我们必须重新定义工具，重新定义人类，或者接受黑猩猩是人类。”
再后来我们告诉自己只有人类才有文化：通过模仿，人类将一代人的习俗延续承接到下一代。但是，在西非地区的塔伊森林里，那些黑猩猩世世代代以来都教会他们的幼子在石头上用木制的锤子把坚果敲裂开，这又如何解释呢？虎鲸有着自己的捕猎传统、呼应模式和社会体制，那么它们又该归入哪种人呢？

尽管后来很少有人意识到这一点，古道尔对猩猩的拟人描述给了人类例外论狠狠一击。猩猩不再被描述成是笨拙的自动式机器，无法和人做比较，而是成了和人类一样有复杂和微妙的社会生活的存在者。我们之前估计的要么是人类更多地受到本能的支配，要么是动物更有意识。此时，人类与动物的相似性，而非差异，吸引了人们的注意。

物竞天择理论的共同发现者之一阿尔弗雷德·拉塞尔·华莱士（Alfred Russel Wallace），就提出人类心智太过于复杂，不可能是自然选择的产物，这一定源于某种超自然的力量。
华莱士的推理颇具吸引力和逻辑性。
华莱士在他那个时代里以没有种族偏见思想而著称。他曾与南美和东南亚的土著人生活在一起，他视对方与自己是平等的，即便智力也许有时会有差别，但是彼此在道德上是平等的。
这让他坚信所有的种族都有着相似的心智能力，但这也让他困惑，在许多最“原始”的社会里，人类智力最伟大的方面却没有充分发挥作用。如果你的一生都将在热带丛林里度过，那么即便你会阅读和做长除法，又有什么意义呢？因此，华莱士说，“一种更强的智力在指引人类种族的发展过程。”

在1838年达尔文第一次见到珍妮几个月以后，他又去过动物园两次。他带了一只口琴、一些薄荷和一根马鞭草。珍妮对这三样东西都很喜欢，她还对自己镜子里的模样“万分震惊”。达尔文在笔记中写，“人们去参观驯养的猩猩……了解它的智力……然后便为自己突出的优势而洋洋自得。傲慢的人会认为自己是一件伟大之作，值得与神灵并置。谦卑一点的看法是，这也是我的观点，人是由动物进化过来的。”达尔文将学到的本用于地质学的方法用来研究动物，即均变原则，该原则认为形成如今地质的条件与远古时期地质的形成条件是相同的。同年9月的晚些时候，当他读着马尔萨斯（Malthus）的人口论时，达尔文灵光一闪，想到了如今众所周知的物竞天择。