1503年2月,达伽马起航返回里斯本,在印度海岸留下了两个脆弱的立足点,即分别位于坎纳诺尔和科钦的贸易站。卡利卡特的扎莫林怒气冲天,备受羞辱,另外还因为科钦苏丹拒不配合他铲除葡萄牙海盗而格外愤怒。很显然,与这些外来入侵者是不可能进行和平谈判的。葡萄牙人的到访越来越有规律,这很令人不安。每次季风快结束时,他们的船只就返回印度了,有时是一小群,有时规模雄壮,炫耀武力。他们用旗帜和炮声宣布自己的驾临。他们]来了之后,放肆地索要香料,并提出驱逐根深蒂固的穆斯林群体的无理要求。他们向印度教文化的禁忌挑衅,大加威胁,并肆无忌惮地犯下常规的战争法则所不允许的暴行。
葡萄牙人现在开始努力在马拉巴尔海岸建立种通行证制度,向过往船只收缴买路钱。他们发放安全通行证,以保障对他们友好的势力的船只的安全。这实际上是对贸易征收的一种赋税。后来,他们要求所有商船仅在葡萄牙控制的港口从事商贸活动,并且还要缴纳高额的进口与出口关税。通行证上的印章带有圣母玛利亚和耶稣的图像,这标志着印度洋世界的一个极端变革。欧洲人来了之后,大海不再是自由贸易区。通行证制度给印度洋世界引入了一个陌生的概念——领海,即由武装力量和葡萄牙的野心(主宰大海)控制的政治化的海洋空间。

瓦斯科·达伽马的远航令所有人惊讶。它给欧洲的世界地名词典增加了1800个新地名,并揭示了关于东印度的新信息宝库。它很快将迫使全球很大范围内的各利益相关方——基督徒、穆斯林和印度教徒——进行全新的战略筹划,并将不可避免地导致商业冲突与战争。对曼努埃尔一世来说,他的自信心因此大涨。他现有的头衔是“大海此岸的葡萄牙与阿尔加维国王,大海彼岸的非洲之王,几内亚领主”,如今又加上了“埃塞俄比亚、阿拉伯半岛、波斯与印度的征服、航海与贸易之王”。这是对贸易垄断权的大胆主张,也表达了葡萄牙的意图:大海应当是有主人的。甚至在达伽马返回之前,国王就已经在为下一次远航铺设龙骨、建造新船了。与此同时,他下令对达伽马远航的所有航海图严格保密,泄露机密者一律处死。知识就是财富和权力。

葡萄牙人是满怀戒心地来到印度海岸的。他们在北非打了几十年的圣战,平素一贯的策略是:保持警惕、极具侵略性地抓捕人质、武器随时待命,以及在基督徒和穆斯林当中二选一。他们似乎当真没有考虑到印度教的存在。葡萄牙人这种简单化的、焦躁的心态,与复杂的印度洋世界格格不入。在这里,印度教徒、穆斯林、犹太人,甚至印度基督徒,都融入了一个多种族的贸易圈。

1492年,犹太人被从西班牙驱逐出境。一些犹太人,其中有不少是知识分子或商人,为里斯本增加了更多活力。尽管他们在葡萄牙受到的欢迎也很短暂,但还是给葡萄牙带来了大量宝贵的知识。难民包括犹太天文学家和数学家亚伯拉罕·萨库托,他发明的航海星盘和记录天体位置的图表书籍后来将给航海技术带来一场革命。

在西班牙中部平原的古老小镇托尔德西利亚斯,两国代表团举行了会议,为瓜分世界而讨价还价。他们简单地“从北极到南极”画了一条直线,将大西洋一分为二;这条线以东属于葡萄牙,以西属于西班牙。若昂二世和他的天文学家与数学家的团队可能经验更丰富,本领也更强,迫使西班牙将这条线从原先的位置(即教皇之前批准的那条线)向西移动了1000多英里,到达葡萄牙所占的佛得角群岛与哥伦布发现的加勒比群岛(他认为那是亚洲海岸的一部分之间。如此一来,《托尔德西利亚斯条约》就将尚未被发现的巴西海岸纳入了葡萄牙的势力范围。因为我们没办法准确地确定托尔德西利亚斯子午线的经度,所以关于这条线的具体位置存在激烈争议。这场争吵一直持续到1777年。
如1492年发现美洲一样,这项条约本身也标志着中世纪末期的一个关键时刻。尽管《托尔德西利亚斯条约》后来得到了庇护三世教皇的批准,但瓜分世界的权利已经不在教廷的掌控之下。科学家们根据世俗国家的利益,做了计算和分割。伊比利亚半岛的两个国家处于探索发现的最前沿，实际上已经将欧洲之外的所有土地变成了两国政治斗争的空间,这令其他国家的君主感到好笑。一些年后,法兰西国王弗朗索瓦一世讥讽道:“让我看看亚当的遗嘱里有没有这么
写。”但在1500年时,除了西班牙和葡萄牙,没有一个国家能够进入大西洋,或者有足够的经验去挑战伊比利亚半岛的两位先驱。而哥伦布在奔向东印度的竞赛中无意识地驶入了一个死胡同,被美洲大陆挡住。只有葡萄牙人拥有足够的知识,能够找到通往东印度的海路,将世界连为一体。葡萄牙人拥有一个机遇,而他们的西班牙竞争者却丧失了这个机遇。

1493年3月3日,一艘破破烂烂的船挣扎着驶入里斯本附近的赖斯特罗港,这里是从海外返回的船只的传统锚地。但是,这艘船不是葡萄牙的。哥伦布回来了,带回了消息。他在葡萄牙的竟争对手西班牙赞助下,乘坐“圣马利亚”号找到了所谓的“东印度”,实际上是今天的巴哈马、古巴、海地和多米尼加共和国。哥伦布的谎言极多,编造和粉饰了自己的过去,很不可靠。我们不知道他是被猛烈的风暴偶然吹入塔霍河的,还是故意来拜访并羞辱曾经拒绝他的葡萄牙国王的。等候与他会面的人是巴尔托洛梅乌·迪亚士,就是他的远航使得哥伦布丧失了葡萄牙朝廷的赞助。哥伦布自称抵达了靠近日本的岛屿,据他说自己随后得到了若昂二世的盛大欢迎。
葡萄牙方面的资料对此保持沉默。若昂二世看到哥伦布作为证据带来的土著人质(从外貌看他们显然不是非洲人),大受震动;这些土著看上去的确更像他想象中的东印度居民,但没人说得准这个自吹自擂的热那亚人发现的究竟是什么。国王的谋臣提出了一个简单的解决方案:不动声色地把哥伦布杀掉,西班牙的发现就将湮灭。若昂二世否决了该提议,因为这在道德上是错误的,而且在外交上也很糟糕,毕竟两国之间的关系已经高度紧张了。
他决定,迅速给正在塞维利亚的斐迪南和伊莎贝拉送去一封措辞严厉的信,声称哥伦布侵犯了葡萄牙领土。1479年,为了结束之前的一场战争,两国同意在大西洋划一条水平边界,规定双方专有的探索范围,并得到了教皇的批准。若昂二世相信,哥伦布发现的土地属于他的势力范围,于是准备派遣自己的探险队。西班牙人向西班牙裔教皇亚历山大六世(博吉亚)求助,后者支持西班牙人,将大西洋的很大一部分判给了西班牙,剥夺了葡萄牙人自认为属于自己的海域。突然间,葡萄牙人在大西洋的霸权受到了威胁,他们可不愿意眼睁睁地看着自己几十年的投资化为泡影。若昂二世以战争相威胁。两国决定绕过教皇,当面协商,以避免一场大规模的外交冲突。

迪亚士取得了两项伟大突破。他明确地证明,非洲是
块大陆,与印度有海路相通,因此推翻了托勒密地理学的一些准则;他天才地先向西深入大西洋的航行,解开了季风之谜的最后一部分,其告诉人们,抵达印度的办法不是紧贴着非洲海岸缓缓前进,而是绕一个大弧线,先进入茫茫大西洋,然后信赖可靠的西风会将船只吹过非洲大陆的最南端。这是葡萄牙水手六十年艰辛努力的巅峰,但听取迪亚士汇报的人们未必理解这项成就的意义。空欢喜那么多次之后,他们或许比以往更谨慎了。迪亚士没有得到奖赏和荣誉,也没有宣布发现陆地的公告,仿佛人们还不能相信迪亚士揭示的真相:更温暖的海洋,以及海岸线的弯曲。人们仍然坚守古典地理学的残余部分,仍然相信,非洲的最南端还没有被发现。次年，一份新的演讲(内容与之前向教皇做的报告几乎雷同)宣布:“每一天,我们都在努力抵达那些海岬以及尼罗河的泥沙,我们通过那里可以抵达印度洋,然后从那里去往野蛮人的海湾,后者就是无尽财富的源泉。”迪亚士远航的价值要到九年之后才能为人们清楚地认识到。而哥伦布感觉到,若昂二世对他的兴趣已经消失了。于是他返回了西班牙,去游说西班牙朝廷。

针对北非穆斯林的圣战将与葡萄牙的航海冒险紧密交织。阿维斯王族于1415年在休达开始崛起,一百六十三年后在休达附近灭亡，它的发展轨迹是一条对称的弧线。在此期间,葡萄牙人在全世界快速推进,越走越远,超过了历史上的任何其他民族。他们沿着非洲西海岸南下,绕过好望角,于1498年抵达印度,1500年抵达巴西,1514年来到中国,1543年登陆日本。葡萄牙航海家费尔南·德·麦哲伦帮助西班牙人在1518年之后的岁月里完成首次环球航行。休达战役是所有这些行动的出发点;它是为了发泄宗教、商业和民族主义的激情而秘密筹备的,动力则是对伊斯兰世界的仇恨。在远征北非的“圣战”中,好几代葡萄牙征服者首次尝到战火的滋味。在这里,他们学习到,军事扩张的胃口和条件反射式的暴力能够威吓印度洋的各民族,让人数不多的入侵者也能获得极大的影响力。15世纪时,葡萄牙全国人口差不多只相当于南京这么一座中国城市的人口,但它的船队的威慑力远远超过郑和的大船队。