在达尔文的理论中，自然选择是进化的主要动力，甚至可能是唯一动力。而在拉马克理论中，动物的“欲望"和“意志"成为重要的动力。

拉马克根据自己的理论，还反对物种的概念，他认为物种在看上去似乎很多物种独自成形，与其他物种有明显的外形区别，那是因为我们没有收集足够的标本来填补物种与物种之间缺欠的链条。在世界的某一个角落，必定存在着这些模棱两可的动物。所有物种收集齐备以后，就可以看出生物是一个一连串连续的过渡形态联结在一起的整体。
拉马克还相信，既然所有物种都是一个连续变化的过程，那么，也就无所谓生物灭绝现象，他认为所有的物种都没有灭绝，只不过是从一个物种转变成了另一个物种而已。
当然，人们之所以提起拉马克，往往是因为他用进废退的生物进化理论。这是一个相当具有迷惑力的理论，一度曾十分流行，甚至对达尔文的理论形成了不小的威胁。就算是到了现在，也仍然没有彻底退出历史舞台。在拉马克的理论中，目的就是动力，两者是合二为一的。而根据达尔文的理论，进化不需要目的，也没有目的，这是两个理论之间的重大分歧之一。

那么，拉马克到底提出了什么样的在当时看来是异端邪说的理论呢?简洁地说，正是大家所熟知但又并不一定真正理解的两大要素用进废退和获得性遗传。在拉马克的理论中，用进废退和获得性遗传其实是相辅相成的，没有用进废退，自然也就没有所谓获得性，当然也就无从遗传了。
先说用进废退。
首先，用进废退明确了物种是变化的，是可以。进。，也可以。退。的，总而言之，是在变的。
用进废退"的理论认为，生物会对所处的环境做出反应。

自然神学派所提出的"钟表匠理论。很好地表明了他们的态度。
"钟表匠理论"的大意是如果我们在路边看到一块钟表，我们就确切地知道，肯定有一个钟表匠存在，正是这个钟表匠制造了这块结构复杂的钟表。由此推导，如果我们在路边看到
一块石头的话，也应该知道，肯定有一个制造石头的人存在。推而广之，我们人类，动物植物，山山水水，以至于整个地球或者宇宙，背后都应该有一个制造者。
毫无疑问，能完成如此巨额工作量的钟表匠只能是上帝。